يتألف مجلس الجامعة من كل من:
- رئيس الجامعة.
- نواب رئيس الجامعة.
- عمداء الكليات.
- ممثل عن وزارة التعليم العالي.
- مدير الإدارة (أمين الجامعة).
- ممثل عن أعضاء الهيئة التدريسية.
- ممثل عن طلاب الجامعة يعينه الاتحاد الوطني لطلبة سوية.
- عدد من الشخصيات العلمية والعامة لايزيد عن اثنين.
يجتمع مجلس الجامعة بدعوة من رئيس الجامعة مرة في الشهر وكلما دعت الحاجة. ولا تكون جلساته قانونية إلا بحضور أغلبية أعضائه. وفي حال عدم اكتمال النصاب يحدد موعد الاجتماع اللاحق بعد أسبوع من تاريخه، ويكون الاجتماع عندئذ قانونيا مهما بلغ عدد الحاضرين.
تتخذ القرارات بأكثرية أصوات الحاضرين فإذا تساوت كان صوت الرئيس مرجحاً.
يقوم مدير الإدارة (أمين الجامعة) بأمانة سر المجلس.
مهام مجلس الجامعة:
- وضع شروط القبول في الجامعة سنوياً وفق النظام الداخلي وبما لا يتعارض مع القواعد المعتمدة من مجلس التعليم العالي.
- تحديد التقويم الجامعي ومواعيد الامتحانات والعطل بما يتناسب مع القرارات الوزارية الناظمة.
- وضع قواعد اختيار العمداء ونوابهم ورؤساء الأقسام.
- وضع خطط إنشاء المباني واستكمال المختبرات والتجهيزات والمكتبات في الجامعة.
- وضع الأنظمة الخاصة لجميع مديريات الجامعة ومنشآتها.
- تعيين أعضاء الهيئة التعليمية.
- التنسيق بين النشاطات العلمية والتدريبية والاستشارية للكليات وتوثيق صلتها مع المجتمع.
- تطبيق السياسة العامة للجامعة من خلال رسم وتنظيم الخدمات التي تقدمها الجامعة في مجال التعليم والتدريب والبحث العلمي ووضع الخطط والامكانيات لتحقيقها.
- وضع التعليمات اللازمة لتنظيم شؤون العمل في الجامعة.
- اعتماد الاتفاقيات مع الجامعات السورية والعربية والاجنبية والمنظمات العربية والاقليمية والدولية لتصبح سارية المفعول بعد موافقة مجلس الأمناء ووزارة التعليم العالي عليها.
- اقتراح مشروع موازنة الجامعة السنوية.
- قبول التبرعات التي ترد للجامعة والتصرف بها وفق التشريع السوري وبما لا يتعارض مع أهداف الجامعة ومصلحة الدولة.
- اقتراح سلم رواتب أعضاء الهيئة التعليمية في الجامعة على مجلس الأمناء.
- منح الدرجات العلمية في الجامعة وفق القوانين والأنظمة النافذة.
- النظر في أي أمر آخر يرى الرئيس أو أي عضو فيه عرضه عليه.
- تفويض رئيس الجامعة ببعض اختصاصات المجلس.